Будущий адмирал родился 13 (24) февраля 1744 г. (по другим данным в 1745 г.) в селе Бурнаково (ныне Тутаевский район Ярославской области) в небогатой дворянской семье: отцом его был Фёдор Игнатьевич Ушаков (1710 – 1781), сержант в отставке, а дядей – старец Фёдор Санаксарский.
Влечение к морю зародилось в душе мальчика под влиянием рассказов старика односельчанина, служившего канониром ещё в петровском флоте. Шестнадцатилетнего юношу родные отправили на учёбу в Морской корпус. Через два года, уже гардемарином, он совершил своё первое учебное плавание на корабле «Святой Евстафий», в 1766 г. выпустился из корпуса офицером, мичманом, и был зачислен в галерный флот, плававший в Балтике.
В 1783 г. Фёдор Фёдорович уже в чине капитана 1 ранга, активно участвовал в строительстве военной базы в Севастополе, в постройке кораблей в Херсоне. Один из новопостроенных мощных линейных кораблей – 60-пушечный «Святой Павел» поступил под его командование. Когда в 1787 г. Екатерина II посетила Севастополь и ознакомилась с созданным в короткое время флотом, она осталась очень довольна. В числе поощрённых ею морских офицеров был и Ушаков, которого она произвела в капитаны бригадирского ранга.
Через полгода началась русско-турецкая война, которая сделала имя Ушакова известным не только в России, но и за её пределами. Правда, первый боевой поход черноморской эскадры оказался неудачным. У Варны сильный шторм, продолжавшийся несколько дней, разметал корабли по морю, едва не погиб и «Святой Павел» Ушакова, но мужественный и искусный капитан сумел его спасти.
Летом 1788 г. эскадра вновь вышла в море и 3 июля встретилась с турецким флотом у острова Фидониси. Турки вдвое превосходили по числу кораблей, имели тройной перевес в орудиях и первыми открыли огонь по русскому авангарду («Святой Павел» и три фрегата).